Возможный Аппаратный Баг

Если подключить Usb хаб к Jet Home D1 и перезагрузить, то порты RS - 485 пропадают.

Порты могут пропасть, ести на USB порт контроллера в момент включения подается напряжение питания 5В. В данном случае это не баг, а фича, позволяющая запитать и прошить контроллер по USB.
Скорее всего с Вашего хаба в контроллер по USB поступает напряжение питания.

как быть, если подключен, хаб перезагрузился, а я далеко от хаба, эта фича сама проблему решит или как?

Опишите подробнее Вашу конфигурацию:

  • какой хаб и как питается;
  • что к нему подключено;
  • от чего запитан контроллер;
  • что подразумевается под “хаб перезагрузиля”: выключили-включили питание?
  • и т.д.